Το Εργαστήριο του ΟΑΚΑ εκτέλεσε τις αναλύσεις των δειγμάτων του ελέγχου ντόπινγκ των Ολυμπιακών Αγώνων 2004, οι οποίες καλύπτονταν από εξαιρετικά απαιτητικές προδιαγραφές :
- Ανάλυση 180 δειγμάτων ανά ημέρα
- Ανακοίνωση των αρνητικών αποτελεσμάτων σε 24 ώρες και των θετικών σε 36 ώρες
- Λειτουργία του Εργαστηρίου σε 24ωρη βάση
Η συμμόρφωση στις παραπάνω προδιαγραφές απαίτησε την εφαρμογή ενός σχεδίου προετοιμασίας, το οποίο είχε διάρκεια από το 2001 έως το 2004 και είχε σαν αποτέλεσμα το 2004 το Εργαστήριο του ΟΑΚΑ να γίνει 20 φορές μεγαλύτερο, 10 φορές ταχύτερο και να επιτρέψει την εργασία 153 ατόμων έναντι 7 σε σύγκριση με τα δεδομένα του 2001.
Σημαντικό παράγοντα στη διαμόρφωση του προγράμματος προετοιμασίας είχε και η προηγούμενη εμπειρία του Εργαστηρίου του ΟΑΚΑ στην εκτέλεση αναλύσεων μεγάλων αθλητικών γεγονότων, όπως οι Μεσογειακοί Αγώνες το 1991, το Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Πετοσφαίρισης το 1994, το Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Στίβου το 1997, το Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Καλαθοσφαίρισης το 1998, το Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Άρσης Βαρών το 1999 και πλήθος άλλων ηπειρωτικών διοργανώσεων.
Κατά τους Ολυμπιακούς Αγώνες 2004 για πρώτη φορά εφαρμόστηκε εκτεταμένο πρόγραμμα αναλύσεων αίματος, το οποίο περιελάμβανε την εφαρμογή νέων τεχνολογιών που αναπτύχθηκαν κατά το 2004 για ανίχνευση αυξητικής ορμόνης, συνθετικού αίματος και μεταγγίσεων αίματος.
Ο αριθμός των θετικών δειγμάτων που ανακοινώθηκαν στους Ολυμπιακούς Αγώνες 2004 ήταν ρεκόρ σε σχέση με τις προηγούμενες διοργανώσεις, γεγονός που αναγνωρίστηκε παγκοσμίως σαν μια νίκη του συστήματος ελέγχου ντόπινγκ.
Χαρακτηριστική είναι ψηφοφορία δημοσιογράφων από ολόκληρο τον κόσμο που ψήφισε τα αποτελέσματα του ελέγχου ντόπινγκ των Ολυμπιακών Αγώνων της Αθήνας σαν το 5ο σημαντικότερο αθλητικό γεγονός του 2004.